汚染源
現在、製造・使用が禁止されているのはPFOS、PFOA、PFHxSの３種類です。PFOSとPFHxSはおもに基地の消火訓練で使われる泡消火剤に含まれており、PFOAはおもに工場で使われてきました。また、工場などでPFOS・PFOAなどを取り除くために使われた活性炭をはじめ、PFOS・PFOAを含んだごみが棄てられた場所も新たな汚染源となっています。
（泡消火剤）
米軍・自衛隊
空 港
（溶剤）
半導体・自動車
フッ素樹脂製造・加工
（汚泥・活性炭）
使用済み
活性炭
廃棄物
処分場
基地や工場の排水が染み込んだ土壌を通じて地下水汚染が確認されています。一方、PFASについては排出や廃棄の基準が設けられておらず、土壌や大気の汚染などは十分に調査されていません。
汚染源別分布
環境省の全国調査で指針値を超えるPFASが各地で検出されています。周辺で高濃度のPFASが確認されている施設も多くありますが、環境省は十分な調査をしないまま、大半について「汚染源の特定は困難」としています。
基地（在日米軍・自衛隊）
航空機火災に備えた定期的な消火訓練でPFOSなどを含んだ泡消火剤が基地および周辺に放出されてきました。汚染が地中にたまる「汚染プルーム」は消えずに移動するとされ、地下水汚染が続いています。
在日米軍も、防衛省（自衛隊）も、基地が汚染源であることを正式に認めていません。
工場
2006年に結ばれたPFOA規制の協定に加わった国内の企業は「ダイキン工業」「旭硝子（現AGC）」「三井・デュポンフロロケミカル（現 三井・ケマーズフロロプロダクツ）の3社です。このほか、自動車や半導体、繊維加工、製紙など全国で200あまりの工場・事業所でPFASが使われてきたと見られています。
産廃処分場
PFOAを取り除くために使われたあと捨てられた活性炭による汚染が見つかった岡山県吉備中央町のほか、全国各地の産廃処分場による汚染も確認されています。PFASの廃棄については規制がなく、廃棄物を出した事業者がわからず、汚染の死角となっています。
焼却
環境省は、PFOSを分解するためには850度以上、PFOAは1100度以上で焼却することを推奨しています（「PFOS及びPFOA含有廃棄物の処理に関する技術的留意事項」）。この水準を満たす焼却施設は全国に10カ所ほどあります。
ただし、実際の燃焼温度が確認されているわけではなく、温度が低ければPFASは分解しないまま大気に拡散されます。
下水汚泥
PFASを含んだ排水が流れ込む下水処理場から出る「下水汚泥」は使い道がないため、産廃処理業者が引き取って肥料にしています。PFASを含んだ肥料は土に返り、２次汚染を引き起こし、人々の体の中に再び取り込まれることになります。国はPFASを調査・規制することなく、下水汚泥の再利用を進めています。
